Alex Ferguson datang dari Aberdeen untuk menggantikan Atkinson dan mengantarkan klub meraih posisi 11. Musim berikutnya yaitu musim 1987–88, United menyelesaikan liga di posisi kedua, dengan Brian McClair yang menjadi pencetak 20 gol liga setelah George Best.
United mengalami masa sulit 2 musim berikutnya. Dengan pembelian pemain yang cukup banyak, Ferguson tidak dapat memenuhi harapan suporter. Alex Ferguson telah berada dalam bahaya pemecatan pada awal 1990, tetapi sebuah gol dari Mark Robins membawa United menang 1–0 atas Nottingham Forest dibabak ketiga Piala FA. Ini membuat Ferguson terselamatkan dan pada akhirnya United memenangkan Piala FA, setelah mengalahkan Crystal Palace di partai ulang babak final.
United memenangkan Winners' Cup Eropa di 1990–91, mengalahkan juara Spanyol musim itu, Barcelona di final, tetapi mengecewakan di musim berikutnya karena di liga mereka kalah dari saingan, Leeds United.
Kedatangan Eric Cantona di November 1992 merupakan sebuah langkah krusial United saat itu. Cantona membaur bersama pemain [[nal Piala FA menjadikan MU menjadi juara dua di liga dan Piala FA. Ferguson membuat suporter kesal karena menjual beberapa pemain Beberapa dari mereka langsung terpilih menjadi anggota Tim nasional sepak bola Inggris. Secara mengejutkan, United kembali meraih double pada musim 1995–96. Ini adalah pertama kalinya klub Inggris meraih double sebanyak dua kali dan akhirnya mereka mendapat sebutan "Double Double".[6]
Mereka memenangkan liga musim 1996–97 dan Eric Cantona menyatakan pensiun dari persepak bolaan profesional pada usia 30. Mereka mengawali musim 1997–98 dengan baik, tetapi mengakhiri liga pada posisi dua klasemen, dibawah pemenang dua gelar, Arsenal.
